精准治疗,检测先行!本文教你如何解读基因检测报告中MET外显子14跳跃突变。
METTKI已在国内外获批用于治疗MET外显子14跳跃突变的晚期NSCLC。MET外显子14跳跃突变已进入精准治疗时代。
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上述哪项报告是MET外显子14跳跃突变?本文教你一文看懂MET检测报告!
别担心,在阅读检测报告之前,先了解以下信息,做好充分的准备。
如何理解报道的突变类型?
对于开头提到的MET突变类型,比如c。30283A>T,p.S531C,医生经常对如何理解这些有疑问。事实上,上述变异是按照HGVS(人类基因组变异协会,HumanGenomeVariationSociety)标准命名规则来表示的。它通常包括参考信息的来源[例如“c”。代表编码DNA的参考序列“p”。代表蛋白质(氨基酸)的参考序列]、位置编号(一般根据参考序列信息,如c.3028是编码序列的第3028位核苷酸)和具体变化(DNA水平为核苷酸变化,包括点突变)、ins插入、del删除等;蛋白质水平变化、氨基酸变化)。
一般的DNA变异命名参考的是编码DNA序列,但非编码区可能会出现一些变异,例如本文描述的MET外显子14跳跃突变。对于这些变异位点,没有对应的位置编号,需要以附近编码区的位置编号作为定位参考,上游用“-”,下游用“”表示。
现在再看看一开始提到的变体。
C。30283A>T,3028编码核苷酸下游的第三个非编码核苷酸发生点突变,由A变为T。p.S531C,该蛋白的氨基酸编号531由S(丝氨酸)变为C(半胱氨酸)。
注:生物信息学分析时,由于参考转录本不同,突变会产生不同的比对结果,从而导致位置编号不同。例如,参考MET基因NM_000245.3转录本,突变为c。30283A>T;但如果参考METNM_001127500.3转录本,相同的突变表示为c。30823甲>T。以下介绍基于NM_000245.3转录信息。
什么是MET外显子14跳跃突变?
MET外显子14跳跃突变是指METmRNA中外显子14丢失的现象,通常是由RNA剪接异常引起的。那么什么是RNA剪接呢
MET外显子14跳跃突变导致编码蛋白的近膜结构域(JM)丢失。该结构中的Y1003残基是E3泛素连接酶CBL的结合位点。CBL与Y1003残基结合会介导MET的泛素化,导致MET蛋白的降解,这是MET蛋白的主要负调节机制。当该区域被删除时,将导致MET受体泛素化减少和MET蛋白降解减少,最终导致下游信号通路持续激活,导致肿瘤发生。